本作のシナリオ数は、隠しシナリオであるシナリオ３を含めて３つ（前作は４つ）。
単純な数の比較で言えば、前作よりもシナリオ数は減少していることになるが、大きく分けたことによりシナリオ間の違いが明確になっている点を考慮すれば、シナリオ数だけで優劣を論じることはできないように思う。
また、隠しシナリオでは、梁山泊の１０８星が勢揃いした状態でのプレイが可能であったり、梁山泊に関係のない好漢でプレイすることができたりする点は前作にはなかった楽しみであるとも言える。
といった前置きをしながら、各シナリオについて概説（詳細はリンク先で）。
シナリオ１・・・１１０１年開始で、選択可能な５人の好漢のうち４人が放浪中。人材面・支配している要塞数いずれにおいても高俅勢力が抜きんでているが、逆に言えば、それ以外の勢力間の差はほとんどなく、また勢力の存在しない地域も多いので、プレイの自由度は高い。
シナリオ２・・・１１０６年開始で、選択可能な８人の好漢のうち放浪中なのは２人。シナリオ１同様、高俅勢力の力が抜きんでている状態だが、選択可能な好漢が治める梁山泊や二竜山にも有能な人材が集まりつつあるほか、原作で梁山泊のライバルとして戦った勢力が新たに勢力を興していたりするなどの変化が見て取れる。また、勢力の存在しない地域もシナリオ１より減少しているので、特に放浪状態から始まる好漢でプレイする場合には旗揚げする要塞の選択が重要となる。
シナリオ３・・・１１２１年開始で、選択可能な好漢５人はいずれも自分の要塞を持っている状態。これまでのシナリオと異なり、選択可能な好漢の勢力はいずれも高俅勢力を凌駕する力を持っている。勢力間の友好関係も悪く、残された時間も少ないなど、短期決戦の様相を呈している。
※シナリオ３は、シナリオ１か２のいずれかを一度クリアした状態で、ゲーム開始時に表示される「ニューゲーム」「ロード」を選択するポップを閉じると、ゲーム終了するかどうかを確認されるのでゲーム続行を選択して、ニューゲームを始めれば、シナリオ３が出現する。
