DMデッキ開発部、5つ目のシリーズである。全93回。DMデッキ開発部DASHに週刊！の文字が付き、連載が週刊へと戻った。今までは1年ごとにシリーズの名前が変わっていたが、このシリーズはエピソード2～3、ドラゴン・サーガ編の序盤の時期までずっと連載しており、唯一、2年間以上続いたシリーズとなった。そのため記事数も全93話と、他のシリーズに比べてかなり多くなっている。
ユウヤ、ケンジは連載当初から再登場し、新キャラとしてリリィも登場する。エピソード3の途中からはハルも新アイコンを持って再登場した。
週刊ではあるが、休載が目立つ。そのため、休んだ分一気に二つ分の記事を掲載することもしばしばあるが、休んだ時の告知がそのまま載せられ、今更告知されても手遅れという状態になったことも。
このシリーズから、ユウヤのコンボに対する執念が目立つようになり、様々な凶悪コンボを開発していった。
エピソード3期のオメガ∞マックス発売時には、このパックの発売を記念し、本来なら週末で更新されるデッキ開発部を平日にも更新していくといった一種のイベント企画のような更新を行っている。余談かつ推測ではあるが、次の新商品であるスターターデッキの発売時期がいつもよりも一か月早い3月発売であったことや、Deadmanによる動画企画という公式ホームページ内での対抗馬が出現したことが、この連続更新が行われたなんらかのきっかけになった可能性も高い。
■エピソード2の時期では、トモ、八重子、リリィの3人がゼニス四天王やゼニス仮面と手を組んで暗躍し、アンの人気を分散させようと目論んだ。しかし、アンがリリィのいじり役として登場回数を増やしたため、作戦は逆効果になってしまった。
■エピソード3の時期では、ハルが3年ぶりに再登場を果たす。さらに、なんとアンとハルがDMデッキ開発部を脱退。そして、アンは2人で新たなチームを作ることを宣言した。しかし、普通にDMデッキ開発部に来てデッキを作っているため、やっていることはいつもと変わりない。同Vol.66にてアンがこのことを話した際に、ハルが「あ、その設定、まだ残ってたんですね？」と言ったことから、ハルもこのことは冗談と思っているようである。
・また、昨年アンばかりキャラが濃いために一騒動あったことを受けてか、エピソード3以降はトモのカード知識やエーツーの体操など、今まで目立たなかったキャラの個性が掘り下げられるようになった。
■余談だが、このシリーズのVol.53より、ブラウザに表示される記事のタイトルに「」(かぎかっこ)が付くようになった。
新章デュエルマスターズにおける公式サイトのリニューアルの際に開発部のリンクが削除された後、旧ページのアーカイブからもリンクが削除された。
